Durante 25 años, los únicos que podían disfrutar del espectáculo de las ballenas jorobadas eran los presos de la Penitenciaría de Gorgona que entre 1959 y 1982 albergó a reclusos de distintas partes del país. Hoy, los visitantes no sólo pueden gozar con total libertad del canto de las ballenas jorobadas sino que pueden recorrer los vestigios de lo que fuera la cárcel más segura del país, pues teniendo como guardia al mar y centinela a la selva, era difícil escapar de allí.
A la antigua prisión de Gorgona, llamada también la Alcatraz colombiana, eran enviados los reclusos más peligrosos de Colombia. Generalmente condenados por homicidio y violaciones. Cuando un recluso ingresaba a la prisión, perdía su identificación personal y a cambio le era asignado un número para ser identificado en la cárcel. Durante su estadía, los reclusos estaban en constantes abusos por parte de las Autoridades y por parte de los mismos reclusos. Además de lo anterior, tenían que convivir diariamente con culebras venenosas y enfermedades tropicales que a menudo se llevaban la vida de muchos presidiarios.
La penitenciaría fue construida basada en modelos de los Campos Nazis. Los reclusos dormían en camas de tabla sin derecho a un colchón o a una almohada. Los baños eran simplemente un hueco en el piso en donde los reclusos hacían sus necesidades fisiológicas, y debido a las constantes violaciones y asesinatos que se realizaban en ellos, tuvieron que bajar los muros para que los guardias pudieran ver que hacía cada uno de los reclusos en cada baño. Las celdas de castigos eran cuartos que iban desde los 80 X 80 cm. hasta los 3 X 3 metros. Eran el símbolo de la desmotivación total, ya que si los presos no morían asesinados o por enfermedad, morían de soledad y pena moral.
Se sabe que sólo una persona pudo escapar de la prisión. Eduardo Muñetón Tamayo, conocido como el Papillón Colombiano, logró salir de la isla el 24 de septiembre de 1969 aprovechando la festividad de la virgen de las mercedes, se escondió dentro de los matorrales de la isla burlando a las autoridades y con una pequeña balsa construida de troncos amarrados con bejucos y lianas de la selva, salió de la isla y llegó un día después a las costas del pacífico. Aunque su dicha no duró mucho ya que tres años después fue recapturado y vuelto a ser enviado a la penitenciaría, hasta 1985 cuando se clausuró definitivamente el penal.
