La isla estuvo habitada por una cultura precolombina alrededor del año 1300 AC. Por sus vestigios arqueológicos se sabe que eran expertos navegantes y se especializaban en la pesca. En una época anterior a la conquista española los aborígenes Sindagua, bajo el mandato del cacique Yundigua, poblaron la isla. Esta tribu era proveniente de los territorios de los actuales departamentos Nariño y Cauca.
En 1527, 3 años después del descubrimiento por parte de Almagro, el conquistador español Pizarro arribó a la isla huyendo de los indígenas que habitaban la Rada de Tumaco. Pasó en Gorgona unos 7 meses, en los cuales muchos de sus hombres murieron por mordeduras de serpientes. Por ello bautizó la isla como Gorgona.
Desde Pizarro hasta la época de independencia latinoamericana la isla sirvió de estación de abastecimiento para las naves que iban de Panamá al Perú y viceversa. En la década de 1820 Simón Bolívar la entregó como agradecimiento a su labor en la campaña libertadora al sargento mayor Federico D'Croz, quien estableció allí una finca. Gorgona permaneció bajo el mandato de los descendientes de D'Croz hasta 1899 cuando la Guerra de los Mil Días estalló y arrasó con la población civil que en ella habitaba. Desde ese momento permaneció semihabitada hasta 1959 cuando fue declarada prisión.
